Cette caisse sera alimentée par les cotisations de ses adhérents à hauteur de 35 %. L’Etat prendra en charge les 65 % restant, comme le prévoit l’arrêté du 31 août 2011 (publié au JO du 01/09/2011), fixant les modalités de participation de l'Etat aux frais nécessairement occasionnés par la lutte contre les organismes nuisibles en production fruitière conformément à l'article L.251-9 du code rural et de la pêche maritime.

Les cotisations des professionnels seront calculées sur la base d’un montant unique par hectare, toutes productions confondues. Cette caisse de solidarité sera gérée par la FNLON et son réseau régional des FREDON, la FNLON étant déjà dédié à la lutte sanitaire.  

Cette caisse est rendue nécessaire par les « maladies réglementées » ou « maladies de quarantaine » qui touchent les exploitations fruitières. Tout producteur est alors tenu de déclarer la présence de la maladie sur son exploitation et de lutter contre sa propagation. Ces moyens de lutte consistent parfois en l’arrachage de parcelles entières comme dans le cas de la maladie de la sharka. Ce type de mesures drastiques génère évidemment des pertes économiques de grande ampleur pour les arboriculteurs. La caisse de solidarité vient indemniser ces pertes. Depuis le 1^er janvier 2011, les producteurs de fruits ne pouvaient plus bénéficier d’une quelconque indemnisation pour raison sanitaire. Ils ne pourront pas y prétendre non plus, sans cotiser à cette caisse sanitaire fruits.